Pada era itu, DEN diketuai oleh Emil Salim. Adapun Wakil Ketua merangkap anggota yakni Subiakto Tjakrawedaya, serta ada nama Sri Mulyani Indrawati sebagai Sekretaris merangkap anggota. Kemudian ada 10 jajaran anggota DEN, yakni Boediono, Bambang Subianto, Kuntoro Mangkusubroto, Moh. Arsjad Anwar, Hadi Susastro, H.S. Dillon, Anggito Abimanyu, Gunarni Soeworo, dan Hasan Zein A. Mahmudi, serta Theodore Permadi Rachmat. 

Namun, satu tahun kemudian, DEN dibubarkan oleh Gus Dur melalui Keppres RI Nomor 122 Tahun 2000 tentang Pembubaran Dewan Ekonomi Nasional. Pembubaran dilakukan dengan menimbang bahwa untuk lebih meningkatkan kinerja Kabinet Periode 1999—2004 dalam upaya pemulihan ekonomi nasional dipandang perlu untuk membubarkan DEN sebagaimana dimaksud dalam Keppres Nomor 144 Tahun 1999 tentang DEN. Dengan adanya beleid tersebut, Emil Salim dkk pun akhirnya diberhentikan secara hormat dari jabatan di DEN. 

Diketahui, DEN kini kembali dihidupkan. Luhut Binsar Pandjaitan yang merupakan Menteri Maritim dan Investasi di era Presiden Joko Widodo diangkat menjadi Ketua DEN oleh Prabowo Subianto. Pengangkatan itu berdasarkan Keppres Nomor 139 P Tahun 2024 tentang Pengangkatan Ketua Dewan Ekonomi Nasional.

Di dalam beleid tersebut, berbunyi bahwa Presiden RI menimbang dan seterusnya, mengingat dan seterusnya, memutuskan menetapkan dan seterusnya, kesatu terhitung sejak saat pelantikan mengangkat Jenderal TNI Purnawirawan Luhut Binsar Pandjaitan sebagai Ketua Dewan Ekonomi Nasional, dan kepada yang bersangkutan diberikan hak keuangan dan fasilitas lainnya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.