Untuk tahap kedua pembangunan kurun waktu 2025-2029, ditargetkan membangun IKN sebagai area inti yang tangguh dengan fasilitas transportasi umum baik primer maupun sekunder sudah dapat digunakan. Adanya perluasan kawasan permukiman ASN dan TNI/Polri dan perkantoran pemerintahan pusat.

Pada tahap ini, proses pemindahan ASN diperkirakan dapat diselesaikan dan juga akan dilakukan pengembangan riset dan talenta serta universitas unggulan serta embangunan lanjutan dan pemeliharaan infrastruktur dasar. 

Lanjut tahap 3 yakni kurun waktu 2030-2034 dengan agenda melanjutkan pembangunan IKN dengan lebih progresif. Seperti pengembangan kawasan industri dan sektor lain dalam klaster ekonomi superhub. Penguatan kota cerdas, pusat digital, serta pendidikan Abad ke-21 dan peningkatan investasi dan kapasitas produksi klaster ekonomi.

Pada tahap keempat dengan kurun waktu 2035-2039, agendanya adalah membangun seluruh infrastruktur & ekosistem tiga kota untuk percepatan pembangunan Kalimantan. Terakhir, tahap kelima dengan kurun waktu 2040-2045 adalah mengokohkan reputasi IKN sebagai “Kota Dunia untuk Semua”.