Dalam laman resmi BDS disebutkan, waralaba yang membuka cabang di Israel secara terbuka mendukung penjajahan yang dilakukan Israel di tanah Palestina. Bahkan, sebagian besar dari mereka memberikan sumbangan dalam bentuk barang kepada militer Israel.
Memiliki slogan "Better Ingredients, Better Pizza", Papa John's sebenarnya sudah sering menjadi sorotan dalam beberapa tahun terakhir. Mirisnya, tidak ada hubungannya sama sekali dengan menu pizza yang mereka tawarkan. Karena, sorotan terhadap Papa John's lantaran komentar serta tindakan perusahaan dan pendirinya John Schnatter yang dianggap sering "nyeleneh" dan rasis. Misalnya, pada tahun 2012, perusahaan tersebut meminta maaf setelah seorang karyawan di sebuah lokasi di New York menyebut pelanggan Asia dengan menggunakan hinaan rasis.
Setahun kemudian, insiden lain juga menjadi berita utama setelah kurir Papa John's meninggalkan kata-kata kasar rasis melalui pesan suara kepada pelanggan. Papa John's kembali harus mengeluarkan permintaan maaf lagi pada 2016 ketika seorang karyawan di sebuah lokasi di Denver menggunakan penghinaan rasial sebagai pengganti nama pelanggan, yang kemudian dicetak pada tanda terima dicetak dengan komputer.
