Kritikan paling umum terhadap Habibienomics yakni pemborosan dana dalam investasi industri berteknologi canggih. Namun, Juoro menguraikan, unsur yang paling penting dari Habibienomics yakni pengembangan sumber daya manusia dan penguasaan teknologi sebagai penggerak utama pembangunan ekonomi.
Gagasan tersebut dipengaruhi sejumlah teori ekonomi baru yang dipelopori oleh ekonom muda semisal Paul Krugman, Elhanan Helpman, Laura D'Andrea Tyson. James Brander, dan Barbara Spencer yang terutama berpusat di Departemen Ekonomi, MIT di AS.
Jika pemerintah dapat mengalokasikan sekitar 0,5 persen dari PDB kita untuk Research and Development (R and D) dengan asumsi perekonomian kita menghasilkan barang dan jasa sekitar Rp 200 triliun per tahunnya, berarti alokasi dana sekitar Rp 1 triliun per tahun. Maka dalam kurun waktu lima tahun mandatang beberapa dari industri prioritas, seperti kimia logam dasar, dan bahkan pesawat terbang, komponennya diharapkan dapat meningkat di pangsa ekspornya.
Dewasa ini pangsa ekspor produk padat-modal tidak lebih dari lima persen dari total ekspor nonmigas. Dukungan konsorsium pemerintah swasta (nasional dan internasional) dalam pendanaan penelitian dan pengembangan teknologi terapan dapat mengurangi beban APBN.
"Perlu dicatat, penguasaan dan pengembangan teknologi canggih tidak selalu memboroskan devisa," katanya. Misalnya saja berkembangnya jasa teknisi atau rancang bangun dalam aktivitas pengeboran minyak merupakan langkah besar peralihan tenaga ahli asing kepada tenaga ahli domestik.
Namun kritikan, terutama dari para ekonom, bahwa kemampuan industri padat modal lemah dalam menghasilkan devisa adalah absah. Karena itulah Habibienomics akan menjadi rasional secara ekonomis selama industri prioritas bersifat narrow based.
Perlindungan hanya diberikan dalam jangka waktu tertentu dan secara internasional sehingga sejalan dengan disiplin fiskal dan moneter. Disiplin ini tidak menyedot dana berlebihan dari program perluasan kesempatan kerja sektor lain, terutama pertanian.
